Zastosowanie art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT opiera się na uznaniu administracyjnym, a skorzystanie przez organ z tego uprawnienia uwarunkowane jest stwierdzeniem przez organ, że „zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania”, przy czym to stwierdzenie powinno mieć oparcie o co najmniej uprawdopodobnione przesłanki.
Korekta deklaracji VAT wyznacza niejako na nowo bieg terminu przysługującego organowi na zwrot VAT.
W przypadku gdy kwota podatku naliczonego, o której mowa w art. 86 ust. 2 ustawy o VAT, jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy (art. 87 ust. 1 ustawy o VAT).
Stosownie natomiast do treści art. 87 ust. 2 tego artykułu zwrot różnicy podatku, z zastrzeżeniem ust. 6, następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju lub na rachunek podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, której jest członkiem, wskazane w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach, lub na wskazany przez podatnika rachunek banku lub na rachunek spółdzielczej kasy oszczędnościowo-kredytowej, jako zabezpieczenie udzielanego przez ten bank lub przez tę kasę kredytu, na podstawie złożonego przez podatnika, do naczelnika urzędu skarbowego, w terminie do złożenia deklaracji podatkowej, pisemnego, nieodwołalnego upoważnienia organu podatkowego, potwierdzonego przez bank lub spółdzielczą kasę oszczędnościowo-kredytową udzielających kredytu, do przekazania tego zwrotu.
W myśl zaś art. 87 ust. 6 ustawy o VAT na wniosek podatnika, złożony wraz z deklaracją, urząd skarbowy jest obowiązany zwrócić różnicę podatku, o której mowa w ust. 2, w terminie 25 dni, licząc od dnia złożenia rozliczenia, w przypadku, gdy kwoty podatku naliczonego, wykazane w deklaracji wynikają między innymi z faktur i dokumentów określonych w pkt 1 i 2, a należności z nich wynikające zostały zapłacone.
Jednak w sytuacji, kiedy zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanego w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej lub postępowania podatkowego na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej lub postępowania kontrolnego na podstawie przepisów o kontroli skarbowej. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.
Z treści art. 87 ust. 2 ustawy o VAT wynika, iż organ podatkowy uprawniony jest do zbadania zasadności zwrotu podatku, przy czym ma się to odbywać w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej czy też postępowania podatkowego na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej lub postępowania kontrolnego na podstawie przepisów o kontroli skarbowej. Oczywistym jest przy tym, że działania podejmowane przez organy podatkowe wobec podatnika mogą przyjąć tylko i wyłącznie opisane wyżej formy.
Z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT wynika, że organ może przedłużyć termin zwrotu „do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanego” w ramach wskazanych postępowań. Skoro weryfikacja w ramach wskazanych postępowań ma być „dokonywana”, oznacza to, że postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu może być wydane odpowiednio w toku czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, postępowania podatkowego, bądź w toku postępowania kontrolnego.
Przesłanką przedłużenia terminu zwrotu jest stwierdzenie przez organ, że zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, co może niewątpliwie nastąpić w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej lub postępowania podatkowego na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej lub postępowania kontrolnego na podstawie przepisów o kontroli skarbowej.