Podatnik VAT zostaje wykreślony z rejestru czynnych podatników VAT na swój wniosek, składając VAT-Z lub z urzędu. Naczelnik urzędu skarbowego wykreśla z urzędu podatnika z rejestru jako podatnika VAT bez konieczności zawiadamiania o tym podatnika, jeżeli:
- podatnik nie istnieje lub
- mimo podjętych udokumentowanych prób nie ma możliwości skontaktowania się z podatnikiem albo jego pełnomocnikiem, lub
- dane podane w zgłoszeniu rejestracyjnym okażą się niezgodne z prawdą, lub
- podatnik albo jego pełnomocnik nie stawia się na wezwania organu podatkowego lub organu kontroli skarbowej.
Wykreśleniu z urzędu z rejestru jako podatnik VAT podlega także podatnik, który:
- zawiesił wykonywanie działalności gospodarczej na podstawie przepisów o swobodzie działalności gospodarczej na okres co najmniej 6 kolejnych miesięcy lub
- będąc obowiązanym do złożenia deklaracji, o której mowa w art. 99 ust. 1, 2 lub 3, nie złożył takich deklaracji za 6 kolejnych miesięcy lub 2 kolejne kwartały, lub
- składał przez 6 kolejnych miesięcy lub 2 kolejne kwartały deklaracje, o których mowa w art. 99 ust. 1, 2 lub 3, w których nie wykazał sprzedaży lub nabycia towarów lub usług z kwotami podatku do odliczenia, lub
- wystawiał faktury lub faktury korygujące, dokumentujące czynności, które nie zostały dokonane, lub
- prowadząc działalność gospodarczą wiedział lub miał uzasadnione podstawy do tego, aby przypuszczać, że dostawcy lub nabywcy biorący udział pośrednio lub bezpośrednio w dostawie tego samego towaru lub usługi uczestniczą w nierzetelnym rozliczaniu podatku w celu odniesienia korzyści majątkowej.
Urząd wykreśla z rejestru podatnika, jeżeli w składanych przez 6 kolejnych miesięcy lub 2 kolejne kwartały deklaracjach, o których mowa w art. 99 ust. 1, 2 lub 3 ustawy o VAT, podatnik wykazał wyłącznie sprzedaż zwolnioną od podatku.
Wykreślenie podatnika z rejestru jako podatnika VAT jest równoznaczne z wykreśleniem z rejestru jako podatnika VAT UE.
W przypadku gdy podmiot zarejestrowany jako VAT-UE, złoży za 3 kolejne miesiące lub 1 kwartał deklaracje, w których nie wykazał sprzedaży oraz nabycia towarów lub usług z kwotami podatku do odliczenia, naczelnik urzędu skarbowego wykreśla z urzędu podmiot z rejestru jako podatnika VAT UE i powiadamia go o wykreśleniu.
Powyższy przepis stosuje się odpowiednio, także wtedy gdy podatnik przez okres 3 kolejnych miesięcy nie składał informacji podsumowujących, pomimo że miał taki obowiązek.