Dopuszcza się możliwość odliczenia podatku naliczonego z transakcji nieprzeprowadzonych rzeczywiście, a jedynie wynikających z posiadanych przez podatnika faktur. Mając na uwadze zasadę neutralności podatku, nie należy pozbawić prawa obniżenia podatku należnego podatnika uczestniczącego w łańcuchu transakcji, skoro nie wiedział on, ani nie mógł się zorientować, że inne transakcje z tego łańcucha, wcześniej lub później, stanowią oszustwo podatkowe, a i zorganizowanie całego łańcucha transakcji w zasadzie służyło temu oszustwu, jednakże pod warunkiem, że podatnik dokonał rzeczywistej transakcji.
Stwierdzenie, że podatnik uczestniczył w oszustwie podatkowym lub na podstawie okoliczności towarzyszących transakcji powinien zdawać sobie z tego sprawę, może być podstawą do pozbawienia takiego podatnika odliczenia podatku naliczonego, chociaż transakcja zakupu została przez niego w rzeczywistości zawarta w podmiotem uwidocznionym na posiadany przez podatnika fakturze.
W myśl art. 88 ust. 3, a pkt 4 lit. a ustawy o podatku od towarów i usług, nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku zwrotu podatku naliczonego faktury i dokumenty celne w przypadku, tej sprzedaży została udokumentowana fakturami lub fakturami korygującymi stwierdzającymi czynności, który nie zostały dokonane – w części dotyczącej tych czynności.
W prawie wspólnotowym kwestię neutralności podatku od towarów i usług oraz zasady odliczenia podatku naliczonego określa dyrektywa Rady 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz.Urz.UE.L 2006 r. nr 347 str. 1 dalej zwana – Dyrektywą 112). Z art. 167 Dyrektywy 112, wynika, że prawo do odliczenia powstaje w momencie, gdy podatek, który podlega odliczeniu, staje się wymagalny. Zgodnie z art. 168 lit. a Dyrektywy 112, jeżeli towary i usługi wykorzystywane są na potrzeby opodatkowanych transakcji podatnika, podatnik jest uprawniony, w państwie członkowskim, w którym dokonuje tych transakcji, do odliczenia w następujących kwot od kwoty VAT, którą jest obowiązany zapłacić, VAT należnego lub zapłaconego w tym państwie członkowskim od towarów i usług, które zostały mu dostarczone lub które mają być mu dostarczone przez innego podatnika. W myśl art. 178 lit. a Dyrektywy 112 w celu dokonania odliczenia, o którym mowa w art. 168 lit. a, w odniesieniu do towarów i świadczenie usług, musi posiadać fakturę w sporządzonym zgodnie z art. 220-236 i art. 238, art. 239 i art. 240.
Prawo do odliczenia podatku naliczonego jest podstawowym i fundamentalnym prawem każdego podatnika podatku od towarów i usług i nie można go odmawiać lub ograniczać, poza szczególnymi, przewidzianymi przez prawo okolicznościami. Jest to element konstrukcyjny podatku od towarów i usług, związanych z zasadą neutralności tego podatku dla podmiotu prowadzącego działalność gospodarczą, realizowaną właśnie przez prawo do odliczenia podatku naliczonego we wcześniejszych fazach obrotu. Jednakże prawo do odliczenia podatku naliczonego nie wynika z samego faktu posiadania faktury, lecz z faktu nabycia towaru lub usługi.
Faktura VAT nie jest dokumentem urzędowym, nie korzysta z domniemania prawdziwości, a organy podatkowe uprawnione są do kontroli i oceny, czy w istocie stwierdza ona fakt nabycia towaru lub usług, a zatem czy między stronami wskazanymi w tym dokumencie doszło do rzeczywistej transakcji. Zatem podatnik może korzystać z prawa do odliczenia podatku od towarów i usług z tytułu dostaw towarów lub świadczenie usług dokonanych przez innego podatnika, ale wyłącznie w odniesieniu do podatku wynikający z faktury dokumentującej faktycznie zrealizowaną przez jej wystawcę czynność, podlegającą opodatkowaniu tym podatki.
W przypadku, gdy podatek wynika jedynie z faktury, która nie dokumentuje faktycznego zdarzenia rodzącego obowiązek podatkowy u jej wystawcy, faktura taka nie daje uprawnienia do odliczenia wykazanego w niej podatku (wyroki NSA: z dnia 27 września 2011 r. I FSK 1223/100, z dnia 29 czerwca 2010 r. I FSK 584/099, z dnia 13 października 2009 r. I FSK 928/08).