W podatku od towarów i usług nie obowiązuje legalna teoria dowodów. Zatem faktura nie jest absolutnym dowodem zdarzenia gospodarczego, któremu nie można by przeciwstawić innych dowodów.
Zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124. Kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku określonych w fakturach otrzymanych przez podatnika z tytułu nabycia towarów i usług (art. 86 ust. 2 pkt 1 lit. a ustawy o VAT).
Przewidziane w przepisach ww. artykułu prawo jest podstawowym uprawnieniem podatnika podatku od towarów i usług, jednakże uprawnienie to ma charakter sformalizowany, albowiem uzależnione jest od spełnienia przez podatnika kilku warunków, wynikających z ustawy o VAT. Za utrwalony należy uznać prezentowany w orzecznictwie sądów administracyjnych pogląd, że prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy zakupie towarów i usług nie jest prawem samoistnym, lecz jest to prawo warunkowe tzn. prawo podatnika do odliczenia podatku naliczonego nie wynika z samego faktu posiadania faktury, lecz z faktu nabycia towaru lub usługi przez podmiot widniejący na fakturze, jako nabywca. W tym znaczeniu w podatku od towarów i usług nie obowiązuje legalna teoria dowodów.
Zatem faktura nie jest absolutnym dowodem zdarzenia gospodarczego, któremu nie można by przeciwstawić innych dowodów. W przypadku powzięcia wątpliwości, co do tego, czy faktura odzwierciedla rzeczywiste zdarzenia gospodarcze organ podatkowy uprawniony jest do sprawdzenia zgodności faktury z tym zdarzeniem (por. wyrok NSA z 8 lutego 2001 r., I SA/Kr 2008/99, wyrok NSA z 30 października 2003 r., III SA 215/02, wyrok SN z 7 marca 2002 r., III RN 31/01).
W obowiązujących przepisach brak jest podstaw do konstruowania domniemania prawdziwości faktury i wynikającego z niego zwolnienia podatnika z obowiązku współdziałania z organami podatkowymi w zakresie gromadzenia dowodów świadczących o tym, że stwierdzone fakturą czynności były rzeczywiście wykonane. Faktura nie ma również waloru dokumentu urzędowego, z którym Ordynacja podatkowa wiąże takie domniemanie.
Organy podatkowe są obowiązane do badania nie tylko wysokości kwoty podatku naliczonego, lecz również walorów formalnych oraz okoliczności, w których doszło do sprzedaży towarów lub usług, co sprowadza się do kontrolowania, czy w istocie faktura stwierdza fakt nabycia towarów lub usług, a więc czy doszło do rzeczywistej operacji gospodarczej. Prawo do odliczenia może bowiem dotyczyć wyłącznie tych czynności, które faktycznie zostały dokonane. Sama faktura nie tworzy prawa do odliczenia VAT na niej wykazanego. Także w orzecznictwie TSUE podkreśla się tę zależność. W sprawie C-342/87 (Genius Holding BV v. Staatssecretaris van Financiën, publik. ECR 1989/11/4227) wprost stwierdzono, że wynikające z przepisów dyrektywy prawo do odliczenia nie znajduje zastosowania do podatku, który jest należny wyłącznie z tego powodu, że został wykazany na fakturze.
Zgodnie z art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy o VAT, który wyłącza prawo podatnika do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług określone w art. 86 ust. 1 i ust. 2 tej ustawy, prawo do odliczenia nie przysługuje jeżeli zdarzenie gospodarcze nie zaistniało pomiędzy podmiotami widniejącymi na fakturze jako sprzedawca i nabywca.