Najbardziej dolegliwe dla podatnika konsekwencje nieterminowego złożenia zeznania podatkowego, złożenia zeznania podatkowego zawierającego błędy albo uchylenia się podatnika od zapłaty podatku (przykładowo, pominięcie lub ukrycie w zeznaniu części dochodu do opodatkowania) przewiduje Kodeks karny skarbowy.
Pomyłki i błędy w zeznaniu rocznym mogą zostać skorygowane przez podatnika, w drodze:
- sporządzenia korekty zeznania oraz
- złożenia tzw. czynny żal.
W ten sposób podatnik może uniknąć odpowiedzialności karnej skarbowej. Nieprawidłowe zachowanie podatnika może mieć charakter nieumyślny i wynikać jedynie z jego niedbalstwa.
Zgodnie z art. 274 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, w toku czynności sprawdzających, organ podatkowy może sam skorygować błędy rachunkowe lub inne oczywiste pomyłki w zeznaniu rocznym podatnika (a także w przypadku
wypełnienia zeznania niezgodnie z wymogami formalnymi). Jednakże zmiana wysokości zobowiązania podatkowego, kwoty nadpłaty, kwoty zwrotu podatku lub wysokości straty w wyniku tego rodzaju korekty nie może przekroczyć kwoty 5000 zł.
Od dnia 1 stycznia 2016 r.:
- możliwość dokonania autokorekty złożonej deklaracji – istnieje wówczas, gdy w wyniku tej korekty zmiana wysokości zobowiązania podatkowego, kwoty nadpłaty, kwoty zwrotu podatku albo kwoty nadwyżki podatku do przeniesienia lub wysokości straty nie przekracza kwoty 5000 zł podczas gdy przed ww. datą ta kwota graniczna wynosiła 1000 zł;
- w zmienionym przepisie art. 274 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej instytucją korekty deklaracji sporządzonej z urzędu objęto również kwoty nadwyżki VAT do przeniesienia.
Wcześniej instytucja korekty deklaracji z urzędu dotyczyła wyłącznie deklaracji składanych w formie papierowej; obecnie możliwe jest doręczenie korekty z urzędu za pomocą środków komunikacji elektronicznej, jeśli deklaracja została złożona w taki właśnie sposób.
Jeśli podatnik dokona korekty w sposób eliminujący wątpliwości organu podatkowego, który wystosował wezwanie, organ poświadcza ten fakt w formie odpowiedniej adnotacji na skorygowanym zeznaniu. Oznacza to urzędowe uznanie (potwierdzenie), że skorygowane zeznanie jest formalnie poprawne, a podatnik nie poniesie już z tego tytułu odpowiedzialności karnej skarbowej.
Jeżeli dokonana przez podatnika korekta wiąże się z podwyższeniem kwoty jego zobowiązania podatkowego (którego termin płatności już minął), organ podatkowy zamieszcza dodatkowo adnotację o tym, czy podatnik uiścił kwotę zaległości podatkowej wraz z należnymi odsetkami za zwłokę.