Z przelewami z bezpiecznego rachunku VAT wiążą się pewne specyficzne zasady uznawania i obciążania tego rachunku przez bank. Podatnik będzie mógł wydać dyspozycję spłaty całej wartości z faktury lub tylko całego VAT lub tylko części VAT.
W przypadku realizacji przelewu z tytułu zapłaty podatku VAT na rachunek bankowy urzędu skarbowego bank, który prowadzi rachunek rozliczeniowy podatnika, będzie obciążał kwotą odpowiadającą kwocie podatku VAT rachunek VAT podatnika i uznawał tą kwotą jego rachunek rozliczeniowy zgodnie z poleceniem przelewu.
W przypadku posiadania środków na rachunku VAT w wysokości niewystarczającej na zapłatę podatku VAT na rachunek bankowy urzędu skarbowego, bank obciąży rachunek VAT do wysokości salda na tym rachunku i uzna tą kwotą rachunek rozliczeniowy podatnika na podstawie polecenia przelewu z tytułu zapłaty podatku VAT.
W przypadku posiadania środków na rachunku rozliczeniowym w wysokości niewystarczającej na zapłatę kwoty podatku VAT na rachunek bankowy urzędu skarbowego bank nie zrealizuje przelewu.