Brak nieruchomości czy prawa do nieruchomości wśród składników majątkowych wnoszonych aportem do innego podmiotu nie oznacza, że nie jest to zorganizowana część przedsiębiorstwa, gdyż zorganizowana część przedsiębiorstwa nie musi posiadać w dacie wniesienia jej do innego podmiotu własnej lokalizacji.
Zgodnie z przepisem art. 12 ust. 1 pkt 7 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, przychodem jest nominalna wartość udziałów (akcji) w spółce kapitałowej albo wkładów w spółdzielni objętych w zamian za wkład niepieniężny w innej postaci niż przedsiębiorstwo lub jego zorganizowana część, przepisy art. 14 ust. 1-3 stosuje się odpowiednio.
Zatem otrzymanie udziałów w zamian za wkład niepieniężny tzw. aport, co do zasady podlega opodatkowaniu podatkiem dochodowym. Przychodem w takiej sytuacji jest nominalna wartość objętych udziałów, a koszty ustala się zgodnie z dyspozycją art. 15 ust. 1j ww. ustawy. Jednak a contrario nie będzie stanowiło przychodu podatkowego objęcie udziałów lub akcji w zamian za wkład niepieniężny w postaci przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części w rozumieniu przepisu art. 4a pkt 4 powołanej ustawy.
Dopiero ewentualne późniejsze zbycie udziałów lub akcji otrzymanych w zamian za wkład niepieniężny w postaci przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części, staje się przychodem podatkowym zaś koszty ustala się zgodnie z przepisem art. 15 ust. 1k pkt 2 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych w wartości przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części, wynikającej z ksiąg przedsiębiorstwa, określonej na dzień objęcia tych udziałów (akcji), wkładów nie wyższej jednak niż ich wartość nominalna z dnia objęcia.
Tym samym wniesienie w formie aportu do spółki kapitałowej zorganizowanej części przedsiębiorstwa, nie powoduje powstaniem przychodu podatkowego na moment objęcia udziałów w zamian za ww. wkład niepieniężny.
W doktrynie prawa przyjmuje się, że w skład spółki prawa handlowego może wchodzić więcej niż jedno przedsiębiorstwo. W prawie podatkowym ustawodawca postanowił określać te, niejako wewnętrzne przedsiębiorstwa, mianem zorganizowanej części przedsiębiorstwa. Nie można jednak utożsamiać, zdaniem Spółki, prawnych aspektów przedsiębiorstwa w znaczeniu przedmiotowym z jego zorganizowaną częścią. Składniki przedsiębiorstwa określone w art. 551 Kodeksu cywilnego wyliczone są przykładowo.
Z uwagi na różnorodność ewentualnych stanów faktycznych w definicji nie zapisano wszystkich symulacji czynności prawnych umożliwiających uzyskanie przez zorganizowaną część przedsiębiorstwa statusu niezależnego przedsiębiorstwa. Potencjał polegający na takiej możliwości nie musi doprowadzić do utworzenia niezależnego przedsiębiorstwa samodzielnie realizującego te zadania.