Prawo do odliczenia podatku naliczonego jest podstawową zasadą podatku VAT. Wynika ono z założenia, że podatek VAT ma być dla podatnika VAT neutralny ekonomicznie i powinien obciążać konsumpcję.
Zasadniczo prawo do odliczenia VAT naliczonego przysługuje podatnikowi w okresie rozliczeniowym, w którym otrzymał fakturę VAT albo dokument celny lub w innym okresie rozliczeniowym, o którym mowa w art. 86 ust. 10–10h ustawy o VAT.
Z dniem 1 stycznia 2017 r. wprowadzono zasadę, że podatnik może potrącić podatek naliczony z tytułu wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów w miesiącu powstania obowiązku podatkowego jeżeli uwzględni kwotę podatku należnego z tytułu WNT w deklaracji , w której ma obowiązek rozliczyć ten podatek, nie później niż w terminie 3 miesięcy od upływu miesiąca w którym w odniesieniu do nabytych towarów powstał obowiązek podatkowy.
Jeżeli zrobi to w terminie późniejszym – podatnik może odpowiednio zwiększyć kwotę podatku naliczonego w rozliczeniu za okres , w odniesieniu do którego nie upłynął jeszcze termin do złożenia deklaracji. zasada ta ma zastosowanie także do przemieszczenia własnych towarów w ramach WNT.
Prawo do odliczenia podatku w przypadku czynności wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, nabycia towarów lub usług, dla których podatnikiem jest nabywca, powstaje w rozliczeniu za okres, w którym powstał od tych czynności obowiązek podatkowy, pod warunkiem uwzględnienia podatku należnego od tych czynności.
Dotychczas, tj. końca 2016 r., w sytuacji gdy podatnik uwzględniał podatek należny od ww. czynności w drodze korekty deklaracji za dany okres, mógł uwzględnić także podatek naliczony od tych czynności w tej korekcie deklaracji. Prawo do odliczenia nie powstaje bowiem w konkretnym momencie, tylko w rozliczeniu za dany okres.
Od 2017 r. obowiązuje więc istotne niekorzystne obostrzenie dotyczące terminu skorzystania z prawa do odliczenia. Podatnik nabywający towary wewnątrzwspólnotowo może odliczyć podatek naliczony, o ile ujawnił podatek należny z tego tytułu w deklaracji podatkowej za okres, w którym powstał obowiązek podatkowy, lecz jednocześnie pod warunkiem, że nie nastąpiło to później niż w terminie 3 miesięcy od upływu miesiąca, w którym powstał obowiązek podatkowy z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia.
W sytuacji gdy ujawni podatek naliczony w terminie późniejszym – podatek należny zostanie uwzględniony w deklaracji za właściwy okres, lecz nastąpi to później niż przed upływem 3 miesięcy od chwili powstania obowiązku podatkowego z tytułu nabycia wewnątrzwspólnotowego, podatnik będzie mógł uwzględnić podatek naliczony w związku z tą transakcją w deklaracji podatkowej składanej na bieżąco, tj. za dany okres (art. 86 ust. 10i ustawy o VAT).